Les Études Doctorales sont organisées par les écoles doctorales, elles sont au nombre de 270 à la rentrée 2015.

Ces Écoles Doctorales regroupent les laboratoires de recherche qui travaillent autour d’une même thématique scientifique. Ce sont les Écoles Doctorales qui organisent la sélection, l’inscription, le suivi et la formation des doctorants.

Le doctorat s’effectue dans un laboratoire de recherche, sous la supervision d’un directeur de thèse (ou de plusieurs directeurs de thèses dans le cas d’une cotutelle ou codirection). Il est important de noter que la plus grande partie du temps est consacré à la réalisation d’un travail de recherche et d’écriture d’articles scientifiques. Des formations sont organisées par l’Ecole Doctorale durant la thèse pour un volume de 100h réparties sur 3 ans. Les thématiques ont pour objectif d’améliorer l’insertion professionnelle et d’ouvrir à la diversité des métiers offerts par une formation par la recherche : communication scientifique, écriture scientifique, méthodologie d’enseignement, fonctionnement d’une entreprise, français langue étrangère, etc.