Los estudios doctorales están organizados por las escuelas doctorales. Había 270 en el año universitario 2015.

Estas escuelas doctorales agrupan los laboratorios de investigación que trabajan sobre una misma temática científica. Las escuelas doctorales organizan la selección, la inscripción, el seguimiento y la formación de los doctorantes.

Se realiza el doctorado en un laboratorio de investigación, con la supervisión de un director de tesis (o de varios directores de tesis en el caso de una cotutela o codirección). Es importante notar que la mayor parte del tiempo se dedica al trabajo de investigación y de redacción de artículos científicos. Varias formaciones son organizadas por la escuela doctoral durante la tesis para un total de 100 horas distribuidas sobre 3 años. Las temáticas tienen por objetivo mejorar la inserción profesional y abrir el estudiante a la diversidad de las ocupaciones disponibles para una formación por la investigación: comunicación científica, redacción científica, metodología de la educación, funcionamiento de una empresa, francés como lengua extranjera, etc.